Berdasarkan Peraturan Bupati Manokwari Nomor 95 Tahun 2022 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja DINAS KOPERASI, USAHA KECIL DAN MENENGAH Kabupaten Manokwari, susunan organisasi DINAS KOPERASI, USAHA KECIL DAN MENENGAH Kabupaten Manokwari terdiri dari :

a. Kepala Dinas;

b. Sekretariat, terdiri atas :

1.  Subbagian Tata usaha; dan
2.  Subbagian Keuangan dan Penyusunan Program.

c. Kelompok Jabatan fungsional;

d. Bidang Kelembagaan dan pengawasan, terdiri atas :

1. Seksi Kelembagaan dan Perizinan;
2. Seksi Keanggotaan dan Penetapan Peraturan; dan
3. Seksi Pengawasan, Pemeriksaan dan Penilaian Kesehatan.

d. Bidang Pemberdayaan dan Pengembangan Koperasi dan Usaha Mikro, terdiri atas :

1. Seksi Pemberdayaan dan Pengembangan Koperasi;
2. Seksi Pemberdayaan dan Fasilitasi Usaha Mikro; dan
3. Seksi Peningkatan Kualitas SDM Koperasi dan Kewirasusahaan

e. UPTD.